Narodil se 21. března 1826 v Ústí nad Orlicí, v rodině zdejšího kantora a ředitele kůru Františka Hniličky, od kterého dostal základy hudebního vzdělání. Když mu v 10 letech zemřela matka, byl mladý Hnilička přijat jako sopranista do proslulého augustiniánského kláštera v Brně, kde posléze vypomáhal jako houslista v divadle. Po ztrátě chlapeckého hlasu se vrátil ke svému otci do rodiště, kde se pilně cvičil ve hře na varhany a také se seznamoval s dechovými nástroji. Od r.  1843 navštěvoval hlavní vzornou školu na Malé Straně v Praze a současně navštěvoval proslulou varhanickou školu (tehdy dvouletá). Již za studií projevoval Hnilička velké nadání v kontrapunktu a byl také za tuto svoji dovednost na konci 2. ročníku vyznamenán.

V r. 1845 vstoupil na přání svého otce do přípravného jednoletého učitelského kurzu v Hradci Králové, po jehož absolvování působil na mnoha vesnicích jako podučitel a varhaník (např. Žamberk, Německé Heřmanice a pod…) až se nakonec usadil ve svém rodišti. Mimo školních povinností se věnuje horlivě kompozici (1. skladba již v 17 letech – mše C dur op.  1) a studiu děl J. Haydna, W. A. Mozarta a L. van Beethovena. Za svého pobytu v Ústí vytvořil Hnilička na 63 hudebních děl, jsou mezi nimi zejména duchovní díla (mše, litanie, žalmy…), ale také např. ve své době velice oblíbené mužské sbory nebo první česká symfonická báseň „Táborita“ op. 60 (1862) s violovým sólem a obligátním mužským sborem (zpěv chorálu „Ktož sú boží bojovníci“), o které se pochvalně vyjadřoval i B. Smetana.

Protože Ústí nedokázalo vytvořit pro Hniličku vhodné pracovní podmínky, přestěhoval se, díky úsilí J. Klimeše, s celou rodinou do Chrudimi, kde se stal r. 1863 varhaníkem a později (1872) i ředitelem kůru. Mimo to vedl dlouhá léta chrudimskou ostrostřeleckou kapelu, byl sbormistrem zpěváckého spolku Slavoj, dlouholetým členem Klimešova kvarteta a v neposlední řadě působil jako věhlasný hudební pedagog a první učitel hudby na chrudimském gymnáziu. Mezi jeho žáky patřili např. pozdější pěvec ND Bohumil Benoni, hudební vědec Jaroslav Mikan (1881–1948) nebo František Neumann (1874–1929), pozdější náš přední operní dirigent, hlavně brněnské opery.

Hniličkovým přítelem byl a s jeho tvorbou se setkal také A. Dvořák, kterému věnoval Hnilička svůj smyčcový kvintet op. 126 c moll, o němž se Dvořák velmi pochvalně vyjádřil. Hnilička spolupůsobil na drtivé většině hudebních podniků v Chrudimi, nejdůležitější pro něj byl však chrudimský kůr.

Pro nás je dnes důležitý zejména Hniličkův odkaz, jeho skladatelská činnost. Protože byl velice skromným neprůbojným člověkem, bylo z jeho díla vydáno jen velmi málo skladeb. Naprostá většina zůstala uzavřena za zdmi archivů a muzeí. Že byly jeho kompozice velmi oblíbené, víme z dobových ohlasů. Sám však svou tvorbu nikdy neprosazoval.

Hniličkova tvorba čítá na 216 opusů. Je zde zastoupeno množství hodnotných duchovních skladeb – zejména 26 mší, z nich jmenujme např. 3 vánoční – latinské z mládí, Slavnostní mši D dur, op. 93, kterou se uvedl do funkce ředitele kůru v Chrudimi, dále Slavnostní mši C dur se sólovými varhanami, Mši Es dur, op. 184 pro velký smíšený sbor, kterou věnoval Slavoji, nebo poslední dílo vůbec – Slavnostní mši „Cecilskou“, op. 216. Velmi pozoruhodným a unikátním dílem je Stabat Mater pro 2 sbory, sólisty a smyčcový orchestr na český text. Dále jmenujme 3 requiem, Te Deum, různé sbory, písně. Z orchestrálních skladeb připomeňme 2 symfonie, 3 symfonické básně (Táborita, op. 60, Finále, op. 185 a Neděle na venkově, op. 189), řadu ouvertur, 2 houslové koncerty nebo Suitu pro smyčcový orchestr, op. 135. Jediná opera Žižkův dub na libreto V. K. Klicpery nebyla nikdy provedena. Z kantátové a oratorní tvorby jmenujme ranné oratorium Ztracený ráj, op. 14 na český překlad J. Miltona, nebo kantátu Lilie, podle K. J. Erbena. Hnilička je také autorem obrovského množství komorní hudby (hlavně smyčcová kvarteta), klavírních, varhanních a instruktivních skladeb.

Pravdou je, že Hnilička vyšel ze starší školy a stavěl tedy dlouho na klasických základech (nesmíme zde zapomínat na vliv prostředí!), ale časem se propracoval k osobitému uměleckému vyjadřování, působivé harmonii a kontrapunktické vynalézavosti. Jeho zejména duchovní skladby nevynikají okázalostí a pompézností, zato v sobě mají velkou spiritualitu, a pokoru, neboť byly komponovány z čisté lásky a víry. Alois Hnilička zemřel v Chrudimi 10. listopadu 1909.

Syn skladatele Aloise Hniličky, Alois (1858–1939), rodák rovněž z Ústí nad Orlicí, absolvent chrudimského gymnázia, se také účastnil zdejšího hudebního života (člen Klimešova kvarteta). Po ukončení právnických studií na Karlově univerzitě působí postupně u několika soudů. Byl mj. členem Spolku akademiků chrudimských, kde např. upoutal při akademii 6. ledna 1881 svou houslovou hrou (Brahms–Joachimův Uherský tanec, klavírní doprovod – skladatel K. Kovařovic) a velice se tehdy zasloužil o nacvičení a provedení Smetanova Vyšehradu chrudimskými hudebníky (harfa – Kovařovic).

Jeho celoživotní zálibou a možná největším posláním byla muzikologická práce v oboru dějin české hudby. Napsal mnoho článků i publikací jednak o starší české hudbě, o B. Smetanovi (jako jeden z prvních badatelů), jehož i osobně poznal, a zanechal mnoho materiálů také o svém otci i o neobyčejném chrudimském hudebním životě v 19. století.